到1780年，哈佛學院已先后建立了神學、數學和自然哲學、醫學等教授講座，學院升格為大學。按照歐洲中世紀大學的傳統，必須擁有3個學院的聯合體，才夠格稱為大學，當時馬薩諸塞州議會竟破格承認哈佛學院升格為大學，這既是厚愛，也是鞭策。哈佛大學繼續抓緊自身建設，1816年設立了神學院，1817年設立了法學院，加上原有的以文理為主科的哈佛學院，一共有了3個學院，成為名副其實、名正言順的大學了。19世紀上半葉，哈佛大學的影響已超出馬薩諸塞之外，及于美國中部和南部。

在北美獨立戰爭初年，哈佛學院的基金，連同地產的租金在內，不足1700英鎊。戰后的1793年，哈佛的基金已超過18.2萬美元。到了19世紀,由于校友的贊助，哈佛大學的基金穩步上升，1800年為24.2萬美元，1869年為225萬美元。

在此期間，哈佛大學的課程設置有了較大的變化。1790年，哈佛大學開設了拉丁文、希臘文、數學（包括天文學）、英文寫作、哲學（包括形而上學、道德和政治）、神學、自然科學，希伯來語和法語兩科由學生任選一科。哈佛大學課程的變化，在很大程度上是由于受德國高等教育改革的影響。在此時期，德國著名教育家威廉?洪堡關于大學教育改革提出了著名的三條原則：獨立性；自由與合作二者統一的原則；教育與研究統一的原則和科學統一的原則。洪堡不僅提出了大學改革的理想，并在他倡辦的柏林大學中付諸實踐，提倡學術自由，教育與科研相結合，柏林大學成為德國新型大學的榜樣。在哈佛大學任教的一些青年教授，曾經留學德國，受到德國大學的影響，他們要求改變英國大學的模式，轉而以德為師，效法德國大學的一套制度。1825年，有4位青年教授聯名提出4項改革意見：減少古典文學課程的比重；重視對現代外國文學的研究；設立研究生的學位制度；按照學生的能力分班教學。這4項意見當時未被采納。

1829年，昆西（J?Quincy）出任哈佛大學校長，他大刀闊斧，極力扭轉哈佛大學的方向，大力倡導重視理科的教學。他任職16年（1829~1845年），在哈佛大學辦起了理學院，建立了一座天文臺。18世紀和19世紀，隨著哈佛大學的發展，學校課程內容范圍擴大了，重點轉換了，自然科學受到了極大重視。

1869~1909年，化學家埃利奧特（Charles.William Eliot）擔任哈佛大學校長，他任職40年，把哈佛大學建設成為了一座規模宏大的現代化大學。他使法學院、醫學院獲得了新的活力，并且新建了商業管理學院、牙醫學院、文理學院，注冊學生從1000人上升到3000人，教學人員從49名增加到278名，學校基金從2300萬美元增加到2.25億美元。

1909~1933年，洛厄爾（Abbott Lwrence Lowell）擔任哈佛大學校長，他重新制定了大學本科生課程計劃，實行課程的集中與分配相結合的制度，以便使學生受到良好的基礎教育。洛厄爾實行的導師制，至今仍被哈佛大學沿用。洛厄爾最突出的貢獻是在哈佛大學實行住宿制度，這一制度的實施使得在大型的綜合大學中，本科生都有一個小型的學院環境，新生入學后的第一年住在哈佛校園內或附近的宿舍中，一年以后，學生們分住在12幢宿舍樓內，還為少數走讀生設置了第13幢宿舍樓。每幢宿舍樓內有一位住校教師和一個導師組，指導學生的學習和生活。此外，每幢宿舍樓還設有餐廳、圖書館，在宿舍樓區，經常開展各種有趣的體育、社會和文化活動。而且洛厄爾以身抗擊，保衛哈佛教授穆斯特伯格與拉斯基，導致了這兩位教授安在。