選科系是美國研究生院申請過程中非常重要的，美國的研究生院根據不同的學院和科系對申請者分開審核，熱門科系和冷門科系的申請難度大不同，決定要申請什么專業時某種程度已經決定了你可能會錄取的學校，因此選科系時務必慎重。
　　業內人士建議，最好與有經驗的顧問討論清楚，該申請什么專業？現在是什么專業？如果要轉專業，該如何準備？如果想讀名校，又該如何選擇專業？如果想從基礎科學專業轉為應用專業，又該如何規劃？另外要和顧問討論你選擇此專業的動機是什么等。同樣1280分的GRE和同樣3.4的GPA，申請不同的專業，錄取的學校可能會有很大的差距。有的可能錄取到哈佛、耶魯；有的僅僅錄取到紐約州立大學。業內人士說，很多同學對欲申請的目標專業認知根本不清楚，只是聽名字，入讀之后才發現課程內容和專業名字落差很大，因此，學生在申請之前需對欲申請專業的課程設置，對畢業生的要求等做詳細了解。
　　業內人士分析道，通常美國熱門科系畢業生，他的發展寬，收入高，但申請人數眾多，競爭激烈。而冷門科系畢業后的發展相對較窄，收入相對較少，申請人數較少，申請到名校的幾率較高。熱門科系中工商管理碩士MBA，申請難度最高，不但要有工作經驗，更需在申請文章中突出自己的能力和申請的動機。工學院里電機系EE最為熱門；統計系、公共衛生、土木工程等相對較冷門。

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