哈佛大學的校務領導機構，一是哈佛大學董事會，另一個是校務監督委員會。

哈佛大學董事會，負責大學的財政和校務的管理。有關教育政策和機構設置的重大事務，由校長和各部門主任向董事會提出討論定。哈佛大學各個研究生院院長和各個系的系主任，都由校長任命。

哈佛大學校務監督委員會，由30名成員組成。這些成員大多由哈佛學院和拉德克利夫學院畢業的校友中選舉產生，任期為6年。校務監督委員會舉行定期會議，對大學的工作進行調查研究，就有關大學的教育政策和教育實踐提出建議，支持學校的重大活動。

哈佛大學規模龐大、資產超群，常被人戲稱為“哈佛帝國”。全校共設有13所學院。其中本科生院兩所，即哈佛學院與拉德克利夫學院；研究生院11所，即文理學院、商業管理學院、肯尼迪管理學院、設計學院、教育學院、法學院、神學院、醫學院、牙醫學院、公共衛生學院及大學擴展部等。

幾個主要的研究生院的著名系、部有：

*文理學院的生物化學與分子生物學系、生物科學部、應用科學部、計算機技術研究中心、地質學系、化學系等；

*醫學院的細胞與進化生物學系、微生物與分子遺傳學系、神經生物學系、生物化學系、生物學與生物物理學系、藥物學系、免疫學委員會、與MIT合建的健康科學部等；

*公共衛生學院的微生物學系；

*設計學院的建筑系和設計專業等；

*教育學院的管理、計劃和社會政策專業，教學、課程和學術環境專業，人的發展、閱讀和咨詢心理專業等。

哈佛大學擁有2400名教授,6700名本科生和12400名研究生,校色是深紅色(Crimson),深紅色(Crimson)也是哈佛的運動隊和日報The Harvard Crimson的名字.

哈佛大學和麻省理工學院(MIT) 之間一直存在著友好的競爭關系,這種關系可以追溯到1900年,那時候兩校合并的問題被廣泛討論,甚至在某個時候被當局達成一致(后來被馬諸塞州的法院取消),今天,這兩所學校之間的合作和競爭依然不相上下,經常有很多合作的研討會和項目,包括哈佛MIT健康科學與技術部,哈佛MIT數據中心, Dibner歷史科技研究所.此外, 兩校的本科生和研究生之間還可以不用繳納額外費用就能相互注冊, 獲得學分來得到自己本校的學位.

哈佛大學最近才成立工程與應用科學學院。由于哈佛的工程學科沒有鄰近的麻省理工學院完善, 許多哈佛學生會到麻省理工學院修理工的課程或做理工的研究 (哈佛大學曾經數次嘗試與麻省理工學院合并，但一是受限于雙方校園內部的意見，再加上為防止大學獨大，麻省大法庭于1904年裁定此舉違法，至今并無任何合并舉動)