北海道大學的前身為1876年（明治9年）為開發北海道而設立的札幌農學校。首任校長為美國馬薩諸塞州農科大學校長克拉克博士。克拉克博士在返回美國時候，經過札幌附近的島松時，騎在馬上，對送別的師生們大聲說了一句話，“青年們，要胸懷大志”（少年よ、大志を抱け Boys，be ambitious)。從此，這句話就成了北海道大學的校訓流傳至今。在克拉克博士離任后，他所宣講的基督教精神仍留存在校園內，盡管該校為國立學校，但在學生中流行 “信耶穌誓約”，從中誕生了新渡戶稻造，內村鑒三等日本戰前杰出的基督教徒。

1907年該校改名為東北帝國大學農科分校，1918年成為第5個帝國大學“北海道帝國大學”。二戰結束后，改制為新型大學，并開始使用“北海道大學”的校名直至今日。

北海道大學的建校理念為進取精神，求實，國際性的修養等。1952年的東京大學校長矢內原忠雄這樣評價：“明治初年，日本的大學教育中有兩個中心。一個是東京大學，另一個就是札幌農學校。這兩個學校打下了日本教育的國家主義和民主主義兩大思想的基礎。”“日本教育，至少是國立教育的兩個源泉來自東京和札幌，從札幌發源的創造人的自由主義思想沒能成為日本教育的主流，而從東京大學誕生的國家主義，國體論，皇室中心主義等思想，成為了支配日本教育的指導理念。這個思想發展到極致，就導致了太平洋戰爭。戰敗后，在重建日本教育的過程中，這種思想仍然存在。”

號稱“榆樹的森林”的札幌主校區，擁有177萬平方米校園，設有12個學部和15個研究生院。共有15000名學生和4500名教職員工在這里從事教育研究。

【本科及研究生院】

本科學科/研究生院

醫學部 獸醫學部 齒學部 藥學部 理學部 農學部 法學部 經濟學部 文學部 教育學部 水產學部

不配有本科的研究生院

地球環境科學研究生院  國際廣播媒體研究生院  信息科學研究生院  另有各個研究所（低溫科學研究所等）