專業學院：

    全校現有18個學院，下屬包括178個研究所，以及為醫學院實習的診所。
    • 01 天主教神學院
    • 02 基督教神學院
    • 03 法學院
    • 04 企業經濟學院
    • 05 國民經濟學院
    • 07 醫學院 (包括. 牙醫學)
    • 08 獸醫學院
    • 09 歷史及藝術學院
    • 10 哲學，科學哲學及宗教學院
    • 11 心理學及教育學院
    • 12 文化學院
    • 13/14 語言學及文學院
    • 15 社會學院
    • 16 數學，信息學及統計學院
    • 17 物理學院
    • 18 化學及藥學院
    • 19 生物學院
    • 20 地質學院

    官方的院系命名由于歷史的原因已經被更改：原先的第六學院林學院已于1999年歸入慕尼黑工業大學，第十三及十四學院已合并。

    慕尼黑大學成就突出的學院有企業經濟學院、醫學院、法學院、社會學學院、物理學院、化學學院、林學院、獸醫學院等。 
    課程設置

    大學的教學單位現分為18個學院，這些學院中又分為總共178個研究所,以及為醫學院實習用的診所。慕尼黑大學成就較高的學院主要有企業經濟學院、醫學院、法學院、社會學學院、物理學院和化學學院、林學院、獸醫學院等。